Cuando Jackie, la amiga de Peter, entra a una vieja casa abandonada, una monstruosa planta prehistórica es accidentalmente liberada en la ciudad. Esto lleva a Spider-Man a lanzarse a la acción, aunque su única esperanza de victoria esta en el pasado... 3,000,000 años en el pasado. Por esto usa la maquina del tiempo del Profesor Smithers, Spidey descubre un mundo de reinos ocultos y algunas terribles grandes sorpresas, ¿pero sera suficiente para salvar el presente antes de que se vuelva historia?